弘光元年（1645年）五月，鞑豫亲王多铎率鞑军渡过长江，南京失守。六月，潞王监国于杭州，不数日也降清，浙东郡县纷纷望风归附。绍兴府通判张愫降清后被任为知府，彭万里任会稽知县。闰六月初，鞑清颁剃发令，各郡县又奉檄开拓道路为驰马之地，一时人心惶惶。在这种情形下，浙东一些社会地位b较低的生员和中、下级官员，在本地当权官绅已经降清的情况下，揭竿而起，不顾杀身亡家的危险而展开抗清复明运动。
闰六月初九日，孙嘉绩、熊汝霖在余姚首先举兵起义。初十日，郑遵谦在绍兴联络了一批志同道合的朋友和郡将，慷慨声称：“天下事尚可为，我yu举义旅，何如？”得到大家的支持。十一日，郑遵谦在水神庙结郡中少年刘翼明等数千人，自任义兴元帅，正式举起抗清义旗。时张愫、彭万里受命新归，招摇过市，激起众怒。郑遵谦在清风里将他俩斩首祭旗，占领了府署，又杀鞑清的招抚使于江上，派五百人西扼钱塘江以防鞑军东进。
为了解决义军粮饷问题，他戎服坐新司堂，召集城内的缙绅议事。自原任明朝吏部尚书商周祚以下，身穿皂衣从边门进入府署。郑遵谦向他们介绍了筹集粮饷遇到的困难，要求他们拿出一点钱来。缙绅们各怀心计，都默不作声，谁也不敢正视郑遵谦。好不容易有一个人开口了，却是诉说自家如何贫困，难以拿出钱来。郑遵谦大骂道：“若受高官厚禄数十年，今国破君亡，尚yu拥厚资安享耶？”命人拖出去斩首，众士民也在辕门外大声呼喊：“郑将军今为国，诸公世受大禄，有贰议者，剑斩之。”缙绅们吓得胆战心惊，只好答应按额输饷。正在这时，郑之尹从杭州降清回来，见此情形大吃一惊，拉着遵谦的衣襟，跪在地上大哭道：“汝幸贷老奴命，毋使覆宗。”妄图以父子之情劝说遵谦不要和鞑清作对。郑遵谦毫不动摇，当即表示断绝父子关系，割断衣裾毅然离去。此事见于鞑清康熙年间，温睿临荟萃野史数十种编写而成的《南疆逸史》，他还为此不胜感叹地说：“明之绅士，大约容利禄、趋声势、私妻子是计耳。宁有君父之戚、家国之感乎哉！故闯至则降闯，献至则降献，一降不止则再，其目义士皆怪物耳！”不过，同编于康熙年间的余姚《东山志》在介绍郑之尹时另有说法，说他在“顺治丙戌年（1646年）六月，浙河兵溃，闻余尚书煌、王侍郎思任等皆殉节，遂自沉于河。”余煌、王思任都是原来鲁王监国朝廷中的官员，郑之尹和他们一同殉节，分明是个忠节之士。对郑之尹是忠臣还是贰臣的两种说法，现在已难辨真伪，姑且共录之。
郑遵谦起事后，和孙嘉绩、熊汝霖派来的使者取得联系，决定共同拥戴逃难至台州的鲁王朱以海监国。闰六月二十八日，明朝原管理戎政兵部尚书张国维等迎鲁王自台州来到绍兴。七月十八日，鲁王在绍兴出任监国，以分守台绍道公署为行在，立妃张氏为元妃，改明年为监国元年。授郑遵谦为义兴将军，命令他率义军出屯小门。
鲁监国朝廷的抗清兵力由两部分组成。镇东侯方国安、武宁侯王之仁、接管浙东原有的营兵和卫军，自称正兵；而孙嘉绩、熊汝霖郑遵谦等虽被授予督师官衔，部下都是些临时招募来的市民、农夫，称之为义兵。方国安、王之仁凭借兵力优势，竭力主张正兵应该瓜分全部正饷，即把浙东各府县每年六十余万钱粮有方、王二军分配；义兵只能食义饷，即通过劝输等方法取得银米。各处义师断绝了粮饷来源，大多散去。郑遵谦将家中财产全部变卖，全数充作军饷，继续率领义军防守在钱塘江边。
八月，鲁监国朝廷的各路大军渡过钱塘江，向北岸的鞑军发动进攻。郑遵谦所率的义军尤其勇猛，副将郑维瀚抵太平门时，被鞑军大Pa0炸Si。九月初，郑遵谦与熊汝霖、王之仁二部约定会师于龙王堂。清晨，风大雨急，熊、王二部被大cHa0所阻不能按期前来，郑遵谦独战鞑军于江中。九月十四日，抗清将士陈潜夫、张名振兵败于观音堂。
郑遵谦所率义军也失利，夜渡钱塘江，复归小门驻防。是年冬天，鲁王亲临西兴前线犒师，晋封郑遵谦为义兴伯。
隆武二年（1646年）三月初一，鞑军开堰放舟，yu渡钱塘江进犯浙东。郑遵谦跟随王之仁以舟师迎敌，击退了鞑军，缴获铁甲八百及军资。是年大旱，到五月，钱塘江水涸沙壅。鞑浙江巡抚张存仁偶然见到有沐浴者在江中徒步往来，就骑马下水，水浅竟不及马腹，就麾兵竞渡。当时驻守江防的方国安部犹有众数万，其JiNg兵曰磨盘营。方国安与弘光朝佞臣阮大铖关系较好，南京失守后，阮大铖就藏匿在方国安营中。营兵正要出营迎战，阮大铖私下对营兵说：“若闻将军令乎？yu令汝曹共杀妻子以决Si战。”一时军心动摇，不少营兵伺机脱走，钱塘江全线溃败，绍兴、金华相继失守。阮大铖又四处散步谣言，说方国安yu挟鲁王降清。鲁王慌忙单身一人逃到石浦（宁波市象山县石浦镇），遇到了定西侯张名振。不久，郑遵谦、熊汝霖等也闻讯来到石浦，随张名振保护着鲁王逃亡海上。在定海中左所，鲁王晋封郑遵谦为义兴侯。
六月，鲁王一行到达舟山城，驻守这里的肃虏侯h斌卿借口自己是唐王隆武朝廷所封，不承认鲁王的合法X，拒绝他们进城。于是，他们就在舟山群岛上借住了两、三个月，过着“水为金汤，舟为g0ng殿”的艰苦生活。九月，据守金门、厦门一带的永胜伯郑彩、定波将军周瑞带领舟师四百艘来到舟山，见鲁王处境困难，决定把他迎往福建。十月二十五日，郑遵谦等跟随鲁王从舟山出发，十一月二十四日到达厦门，在郑彩的驻地安顿下来。
郑彩本是海盗出身，平时专权横蛮，凡与己意见相左者，即格杀之。开始他视郑遵谦为同姓兄弟，后两人因争商舶之事交恶。永历二年（1648年）五月，郑彩把屡劾其短的熊汝霖杀害于琅琪岛（今福建省福州市马尾区琅岐镇），熊汝霖的幼子也被沉入大海。事闻后，鲁王鉴于郑彩的权势，竟不敢处置。
入福建后，郑遵谦、熊汝霖两家一直以同乡相倚，问遗不绝。见熊汝霖被害，郑遵谦深表不满，怒见言sE。郑彩决定连郑遵谦也一同加害。一天，他假意将部将吴辉打了一顿。吴辉即请郑遵谦来自己船中，商议共同对付郑彩。郑遵谦刚上吴辉的船，就被擒获。吴辉碍于脸面，伏在船舱底下不敢出来。郑遵谦大声呼喊：“你为郑彩乱臣所厮养，杀我岂出你的心愿，用不着躲避。”吴辉只好出来相见。郑遵谦向吴辉要了一只J、一壶酒，在船头甲板上摆下，向空中遥祭熊汝霖。祭毕，趁吴辉不留意，纵身跳入大海而Si。
郑遵谦之弟郑遵俭，当年也跟随鲁王到了福建，获悉兄长被害，极为愤慨，作《哭兄诗》曰：“不Si靴中刀，强Si海中涛。”洋洋数百言，闻者无不落泪。永历三年（1649年）九月，张名振和荡湖伯阮进杀了h斌卿，在舟山建鲁王行g0ng。郑遵俭又从鲁王到了舟山，历官通政使。永历五年（1651年）八月，鞑清总督陈锦率兵攻舟山，九月初二，舟山城破，郑遵俭战Si。
郑遵谦有一妾名金四姐，会稽人。自郑遵谦绍兴起兵抗清后，即跟随丈夫东征西战，生Si与共。郑遵谦被害后，金四姐经常去海边祭夫。每次祭奠，必先缚一稻草人，上书郑彩之名，边哭祭边斩草人以泄恨。郑彩听说以后，羞恨交加，派人将金四姐投入海中淹Si。据说金四姐投海致Si之处，海水从不肆意泛lAn，屡显灵异，沿海百姓尊称她为“金小娘娘”。
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